Это мотор заслонки рециркуляции пытается довернуть заслонку, но у него не выходит. У меня была эта проблема, закончилась заменой мотора, см. тему
http://skodarapidclub.ru/forum/showthread.php?t=1662
Звук ушел, но некорректная работа заслонки осталась.